Obavy projektantů se bohužel naplnily jen pár let po dokončení mostu, když se v roce 2002 po Vltavě přivalila tisíciletá povodeň. Rozvodněné řece, která zaplavila údolí v celé šíři, se do cesty postavilo těleso dálnice a voda neměla prostor, kudy by mohla protékat na druhou stranu. Dálniční násep i vltavský most tlaku vody vzdoroval a tak zaútočila na nejslabším místě - v jeho mezeře pod mostem přes silnici.

Úzké hrdlo dokázalo proud vody natolik zesílit, že sebou začala strhávat okolí silnice i se sloupy vysokého napětí. Nakonec most u Dušníků svůj boj s tlakem vody prohrál a jeden z dálničního dvoumostu se částečně zřítil. Doprava směrem do Prahy musela být převedena na druhou polovinu dálnice, kudy se projíždělo obousměrně. Ale i druhý most byl poškozen a provoz byl výrazně omezen doslova na rychlost chůze. Otřesy z přejíždění přes několik retardérů, které měly zabránit dodržování rychlosti, ještě více ublížilo druhému mostu. Ukázalo se, že i jeho poškození je natolik těžké, že musí být zbourán.

D8 byla mezi devátým a osmnáctým kilometrem uzavřena a veškerá doprava musela dálnici objíždět po staré silnici II/608 přes Veltrusy. Avšak provoz natolik kolaboval, že musela být později vybudována provizorní objížďka přímo okolo staveniště nového mostu.

 srpen 2008 - velká povodeň na Vltavě

 listopad 2007 - směr Ústí nad Labem